Vườn quốc gia bao gồm 5 hệ sinh thái là: rừng mưa lá rộng, rừng đá vôi, rừng duyên hải, vùng san hô và vùng nước nông.

• Rừng mưa lá rộng chủ yếu là rừng thứ sinh với độ tán trung bình từ 50 - 90%. Tại đây có 494 loài động thực vật, một số loài trong đó quý hiếm và đe dọa, có thể kể đến Tuế đá vôi (Cycas balansae), Ba kích thiên (Radix marindae officinalis), lá khôi (Ardisia sylvestris Pitard), Mèo báo, Mang Ấn Độ, Cầy hương, Cầy giông.
• Khu vực rừng đá vôi là khu vực rừng phát triển trên đất đai nghèo dinh dưỡng. Tại đây có một số loài động vật quý hiếm như Sơn dương đại lục, Khỉ đốm.
• Hệ sinh thái duyên hải là những khu vực nhỏ bao quanh các đảo. Tại đây rất đa dạng về mặt sinh học với 251 loài bao gồm 19 loài cây ngập mặn, 17 loài rong biển, 29 loài giun biển, 149 loài động vật thân mềm, 22 loài động vật giáp xác và 15 loài động vật da gai.
• Khu vực san hô nằm từ độ sâu khi nước thủy triều rút đến mức thấp nhất cho đến khu vực có độ sâu 10 mét. Tại đây có 409 loài đã được tìm thấy bao gồm cá mú, cá vược, cua, ốc, bào ngư và rong biển.
• Vùng nước nông bao phủ một khu vực rộng lớn xung quanh các đảo, vượt ra ngoài vùng thủy triều và kéo dài từ 1 đến 4 km. Những khu vực này chưa được nghiên cứu sâu sắc nhưng đã có 539 loài đã được tìm thấy.